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填料是生物膜反應器的中心組成部分，影響著技術的處理效果和運轉操控，故挑選適宜的填料對生物膜反應器非常重要。從前國內外通常選用的填料形狀有蜂窩管狀、束狀、波紋狀、圓形輻射狀、盾狀、網狀、筒狀、規矩粒狀與不規矩粒狀等，效果的資料除粒狀填料外基本上都選用玻璃鋼、聚氯乙烯、聚丙烯、維尼綸等。因為制作加工和經濟要素。
目前國內首要選用的填料為塑料或玻璃鋼蜂窩填料、立體波狀填料、軟性纖維填料、半軟性填料、塑料或玻璃鋼蜂窩填料外表光滑，生物膜附著率差，易老化.且在實際使用中通常簡單發生填料阻塞。軟性填料中的水流流態不抱負，易被微生物膜貓結在一同，發生結球景象，使其有用外表積大為減小，進而在結球的內部發生厭氧景象，影響處理效果。

微生物固定化資料制成的填料或陶粒濾料的幾許形態直接決議其比外表積的巨細。通常情況下，單個生物膜填料和濾料的空間體積越大，其所具有的比外表積越小。其相對密度影響處理構筑物的建造費用及能耗，若相對密度越大，則需求更多的進步動力，一起也因過強的水力剪切而影響微生物固定。生物膜填料外表的孔隙率及外表粗糙程度直接影響生物膜的形成、開展及安穩進程。添加填料與微生物觸摸的有用面積可以維護固定微生物免受水力剪切效果，減緩因為填料間的碰撞所形成的微生物丟失速度，在某種程度上有利于傳質功率的進步。